A Irmandade de Nossa Senhora da Boa Morte e Assunção foi fundada no dia 13 de janeiro 1856 no seio da comunidade paroquial de Nossa Senhora das Dores, igreja Matriz da cidade de Limeira, sendo que sua elevação e aprovação como órgão atrelado à Igreja Católica Apostólica Romana aconteceria rapidamente em dois de agosto de 1856, sob provisão do Bispo de São Paulo, Dom Antônio Joaquim de Melo (1791-1861). Entre os membros fundadores estavam o então vigário da Paróquia Nossa Senhora das Dores, Joaquim Franco de Camargo Júnior, e os cidadãos Alferes Joaquim Franco de Camargo, Bento Manoel de Barros, Antônio Luiz da Rocha Camargo, Manoel Joaquim da Silva Mello, Antonio José de Souza, Clemente Paulino dos Santos Carvalho, Euclides Carvalho Xavier de Lima, José Gonçalves de Godoy Maurício, José Antônio Rodrigues, André Antônio de Lima, Bento José Lopes da Silva, Francisco Romão Ribeiro e Dionizio José Franco (LIVRO TOMBO DA CONFRARIA DE NOSSA SENHORA DA BOA MORTE E ASSUNÇÃO, reg nº 2)
Vale ressaltar que dentro da história do catolicismo brasileiro, as associações leigas, seja qual fosse a vocação, exerceram importante função litúrgico-pedagógica, sobretudo no período colonial e imperial, transitando entre a Igreja e o mundo civil com profunda habilidade. Com papéis pio sociais, visto que cuidavam dos vivos e também dos mortos, garantindo aos seus filiados auxílio intra e extraterreno, compuseram intricadas redes simbólicas de poder, entre o temporal e o religioso. As irmandades, confrarias e ordens terceiras obedeciam a hierarquizações, amparadas pelo prestígio e noção de pureza de sangue, religiosidade da pompa e faustosas cerimônias (BERTO, 2014). A associações religiosas leigas, muito ativas ao longo dos séculos XVII ao XIX no Brasil, surgiam inicialmente no seio das matrizes e, com o tempo, saíam para edificar templos próprios, o que ocorreu em Limeira, quando, em 1868, a Irmandade da Boa Morte realizou a sagração de seu templo.
Após alguns anos, com o crescimento da Irmandade, no ano de 1869, mais precisamente aos vinte dias do mês de fevereiro, a pedido da própria irmandade, a Nunciatura Apostólica elevou-a, em nome do papa Pio IX, à condição de Confraria. Seu funcionamento foi regular até o ano de 1891, sendo que de 1892 a 1897 mostrou-se sem diretoria e administração. Foi reativada em 8 de setembro de 1898, com a eleição de uma diretoria provisória que tinha a função de restituí-la como órgão religioso. A associação continua ativa até os dias atuais, sendo uma das poucas em atividade no Estado de São Paulo.
Desde a sua fundação, é grande a importância da Confraria da Boa Morte e Assunção na construção da cidade de Limeira, em grande parte devido ao fato de que, desde a origem, participaram da associação religiosa pessoas ilustres da cidade. Extrapolando o campo religioso, sua atuação incidiu em diversas áreas como a assistencial (com a administração do Asilo de Mendicidade de Limeira, atual Asilo João Kühl Filho), de saúde (como gênese da Santa Casa de Misericórdia de Limeira) e educacional. Sobre o último aspecto, no ano de 1917 a igreja foi dotada de uma escola primária de ensino laico: a Escola de Nossa Senhora da Assunção, posteriormente conhecida por Escola Mista Nossa Senhora da Assunção, funcionava no andar superior das dependências do próprio templo e seus alunos eram provenientes das mais diversas classes sociais, sendo que muitos deles ali estudavam gratuitamente.
É uma das poucas associações religiosas leigas fundadas no século XIX ainda em atividade no Brasil.